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La spectrométrie de masse est utilisée pour déterminer la séquence de peptides d’après la masse des fragments obtenus après bombardement électronique dans la phase gazeuse. Avant d’être soumis à l’impact électronique, les peptides sont modifiés afin de lever les liaisons. Deux procédés sont utilisés pour cette modification : le bombardement électronique qui provoque l’abondance de fragments du côté N-extrémité suivi d’une méthylation qui favorise les ruptures du côté C-terminal. Les spectres de masse obtenus montrent l’apparition de fragments abondants du côté N-terminal. Les résultats obtenus sont comparés avec ceux obtenus par d’autres méthodes de séquençage de protéines.