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L’amplification du gène qui code pour le récepteur 2 du facteur de croissance épidermique humain (HER2) et la surexpression de ce récepteur sont associées à un mauvais pronostic dans le cancer du sein. Depuis l'introduction thérapeutique d’un anticorps dirigé contre HER2 (trastuzumab), l’évaluation fiable du statut de ce récepteur est devenue essentielle. Les lignes directrices du Collège des pathologistes américains recommandent, entre autres, les techniques d’hybridation in situ (ISH) pour l’évaluation de l’amplification du gène HER2 dans les carcinomes mammaires. Étant donné que ces tests sont associés à des coûts très élevés, il est donc très important de développer une …
L'amplification du gène qui code pour le récepteur 2 du facteur de croissance épidermique humain (HER2) survient dans environ 15% des cas de cancer du sein et est associé à un mauvais pronostic. Avec l'introduction de thérapies ciblant HER2, l'évaluation fiable du statut du récepteur est donc essentielle. L'amplification d'HER2 dans la tumeur mammaire est mésurée par hybridation fluorescente in situ à l'aide d'un décompte manuel des signaux fluorescents, méthode qui demande beaucoup de temps. Dans la présente étude, nous proposons de valider un nouvel algorithme d'analyse d'image qui reconnaît les noyaux dans la tumeur mammaire et qui évalue les …
Pseudomonas aeruginosa est une bactérie opportuniste et ubiquitaire possédant une résistance élevée aux antibiotiques. La STM (signature-tagged mutagenesis) est une méthode qui a été développée afin d’identifier les gènes responsables de la virulence d’une bactérie. À l’aide de cette technique, 148 gènes ont été reconnus comme étant essentiels au maintien de l’infection de P. aeruginosa chez le rat. Nous avons choisi de nous intéresser au gène, essentiel in vivo, PA3826 produisant une protéine membranaire de fonction inconnue de 165 acides aminés et convenant aux études de RMN solide. Nous avons tout d’abord synthétisé des amorces spécifiques au gène PA3826 contenant …
Pseudomonas aeruginosa (PA) est un pathogène opportuniste causant des infections secondaires chez les personnes atteintes de mucoviscidose. La mutagénèse avec étiquettes d’ADN uniques ("PCR-based signature tagged mutagenesis" (PBSTM)) permet d’identifier des gènes essentiels à l’initiation et/ou au maintient de l’infection. Dans cette méthode, l’identification de gènes essentiels in vivo se fait par sélection phénotypique négative. La PBSTM originale utilise 12 mini-Tn5s pour construire 12 banques de mutants avec étiquettes. Ces mutants peuvent être criblés par groupe de 12. En utilisant la PBSTM, nous avons criblé 1 056 mutants de PA et identifié 13 mutants atténués. Le niveau d’atténuation de ces …
Les gènes Mur responsables des étapes cytoplasmiques de la biosynthèse du peptidoglycan sont tous des gènes essentiels et des cibles thérapeutiques potentielles. Cependant, il n’existe aucun antibiotique utilisé en clinique qui interfère avec les enzymes Mur. Les gènes murA-F ont été sousclonés dans le vecteur pET. MurA-F ont été surexprimées dans E. coli. Les protéines ont été purifiées via leur étiquette 6X His en C-terminale par une seule étape de chromatographie sur une colonne d’affinité chargée au Ni2+. Deux banques de phages M13 ont été criblées contre MurC. Ces banques expriment 3-4 x 10^9 séquences peptidiques aléatoires fusionnées à la …
Pseudomonas aeruginosa (PA) est un pathogène opportuniste causant des infections secondaires graves chez les personnes atteintes de mucoviscidose. Plusieurs facteurs de virulence de PA ont été identifiés, mais leur importance respective dans le mécanisme d’initiation et/ou de maintien de l’infection n’a pas été démontrée. Nous avons développé une nouvelle méthode permettant d’identifier des gènes essentiels à l’initiation et/ou au maintien de l’infection par PA. Cette méthode découle de la mutagénèse avec étiquettes uniques ("signature tagged mutagenesis" (STM)) où l’identification de gènes essentiels in vivo se fait par sélection phénotypique négative. C’est une méthode qui comporte plusieurs avantages. Entre autres, elle …
L’hydrolyse des antibiotiques par les b-lactamases est le mécanisme le plus commun de résistance aux antibiotiques. Pour combattre cette résistance, il existe des inactivateurs suicides comme le sulbactam, le tazobactam et l’acide clavulanique, qui vont inactiver la b-lactamase. Ces inactivateurs sont efficaces contre les b-lactamases de la classe A. Des mutations ont été effectuées aux positions 75-77 et 216-218 de la b-lactamase PSE-4 en utilisant la mutagenèse par remplacement aléatoire de trois codons. Ceci avait pour but d’étudier les interactions de ces acides aminés avec les inactivateurs suicides. Les mutants ont été sélectionnés sur gélose contenant de l’ampicilline avec sulbactam …
Le gène bla OXA-3 responsable de l'hydrolyse des pénicillines isoxazolyles a été isolé à partir du transposon Tn1417 de Pseudomonas aeruginosa, codant pour la résistance aux aminopénicillines, β-lactamine, chloramphénicol, mercure et sulfamides. Un fragment BamHI-BamHI de 5.3 Kb a été cloné dans pBCG131, puis cartographié avec des endonucléases de restriction. Des sous-clonages dans pBCG1+ et pBCG131 ont localisé le gène bla dans une région de 1.3 Kb. Le séquençage a été réalisé selon la méthode enzymatique. L'analyse de la séquence révèle un cadre de lecture ouvert de 825 pb, codant pour une protéine de 275 acides aminés. L'analyse par ordinateur …