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Les communautés aquatiques intègrent à la fois la qualité de l'eau et des habitats, de même que les interactions biotiques de leur milieu. L'analyse de ces communautés constitue donc une approche holistique pour statuer sur l'état écosystémique des plans d'eaux. En 1990, le ministère de l'Environnement et de la Faune amorce le suivi biologique des principaux tributaires du Saint-Laurent. Les communautés ichtyologiques et benthiques sont utilisées comme indicateurs de la qualité du milieu. L'impact de la pollution urbaine, industrielle et agricole est d'abord évalué par l'analyse spatiale des modifications qu'il apporte aux paramètres de communautés telles la diversité, la densité, …