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La reconstruction des génomes des espèces ancestrales dépend de la critère d'optimisation de l'algorithme phylogénétique. Deux critères qui tiennent compte de l'ordre de gènes sur les chromosomes sont les points de cassure et le nombre de réarrangements. Sans évidence directe des génomes ancestraux, il est difficile à évaluer la quelle des deux méthodes est supérieure. Certes, les arbres phylogénétiques construits selon les points de cassures sont les meilleurs sous cette critère et l'affirmation analogue tient bien par rapport aux arbres de réarrangements. Notre suggestion pour une comparaison juste est d'évaluer les arbres construits selon chaque méthode par la critère de …