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Colloque
Nous proposons des modèles d’évolution au niveau codon pouvant capter l’hétérogénéité du caractère adaptatif des acides aminés en différentes positions d’une protéine produite par un gène donné. Ces modèles, inspirés de résultats théoriques de la génétique des populations, combinent un facteur mutationnel (globale) et un facteur de sélection (hétérogène le long d’un alignement), spécifiant ainsi le processus de substitution final. A partir d’exemples de données interspécifiques réelles (et des arbres phylogénétiques associés), nous démontrons que les modèles mènent à des inférences raisonnables du processus mutationnel, des contraintes site-spécifiques au niveau acides aminés, et de distributions de coefficients de sélection. Nos …
Colloque
En utilisant des approches non-paramétriques et empiriques, nous proposons des modèles d'évolution de codons pouvant capter l'hétérogénéité du caractère adaptatif des acides aminés en différentes positions de la protéine produite par un gène particulier. Ces modèles sont inspirés de résultats théoriques obtenus en génétique des populations, où un facteur de mutation et un de sélection sont combinés pour spécifier le processus de substitution final. Nous avons implémenté ces modèles dans un contexte Bayesien, exploitant les méthodologies d’échantillonnage par chaînes de Markov Monte Carlo. A partir de données réelles, nous démontrons que le pouvoir prédictif de ces modèles dépasse celui des …
