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La coévolution maintient les interactions entre les traits phénotypiques dans le cadre du processus de la réciprocité de la sélection naturelle. Au niveau des séquences moléculaires, sa détection peut exposer les interactions entre molécules, et donc de générer des connaissances sur les processus biologiques, et les voies et les réseaux d'interactions qui sont importants pour la fonction cellulaire. Des protéines partenaires sujettes à la coévolution peuvent donc êtres prédites à partir de la similitude de leurs arbres phylogénétiques. Nous présentons une nouvelle méthode pour la détermination d'interactions entre protéines qui utilise cette propriété de la coévolution. Nous montrons que la …
In many bacterial genomes, the leading and lagging strands have different skews in base composition; for example, an excess of guanosine compared to cytosine on the leading strand. Several factors contribute to these skews since they correlate with both the transcription direction of genes and with their replication direction. The molecular reasons for base composition skews attributable solely to replication direction are not known, but are very strong in some genomes. In particular, we find that Chlamydia genes that have switched their orientation relative to the direction of replication, for example by inversion, acquire the skewed base composition of their …