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Colloque
L'organisation des gènes chez les eucaryotes est marquée par l'interruption fréquente d'introns. En concomitance avec la transcription, les introns sont épissés, et ne participent pas dans l'ARN maturé qui se transfère vers le cytoplasme pour traduction. D'anciennes questions reliées à l'origine, l'évolution et la fonction des introns peuvent maintenant être addressées du fait que l'on ait à notre disposition des génomes complets. Je parlerai de quelques avancées récentes, incluant des défis algorithmiques et des découvertes biologiques. Notamment, l'analyse comparative à grande échelle indique que les génomes ancestraux des eucaryotes contenait beaucoup d'introns (comparable à la densité d'introns chez l'humain) qui …
Colloque
Il existe beaucoup d'aspects de l'évolution génomique qui peuvent être capturer le mieux par des quantités numériques. Les exemples incluent la taille du génome et des chromosomes, la densité d'introns, ou bien les profiles phylétiques (nombre de gènes paralogues dans une famille à travers des organismes différents). Je parlerai de méthodes computationnelles pour l'analyse de telles quantités numériques. La présentation adresse l'inférence d'états ancestraux, et celle de tendances générales. En particulier, je discuterai de méthodes de parcimonie et de vraisemblance appliquées à des études évolutives de répertoires de gènes. La reconstruction de l'évolution de familles de gènes chez les Archaea …
Colloque
Je parlerai de mon travail en connexion de nouvelles méthodes basées sur le pooling de clones génomiques. La technique expérimentale qui permet les méthodes est celle d'agréger des lectures shotgun à partir d'un pool de clones. Cette technique peut être employée dans le contexte de séquençage de novo et celui de cartographie physique. Je traiterai les questions algorithmiques et les problèmes de conception d'expériences. L'approche est illustrée par les projets de séquençage du génome du macaque et de celui de l'abeille.
