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Depuis quelques années nous avons développé, à l'Université de Montréal, un nouveau cours gradué de modélisation moléculaire. Le but et les objectifs de ce cours, ainsi que les logiciels utilisés, seront présentés dans cet exposé. Le cours se divise en deux grandes section; une partie théorique couvrant les banques de données et les méthodes de minimisation, et une partie pratique sur ordinateur. L'emphase est surtout axé sur les méthodes empiriques de calcul d'énergie en mécanique et en dynamique moléculaire. Dans la partie pratique du cours, l'étudiant se familiarise avec les logiciels comme CHIRON, REACCS, SPARTAN et MACROMODEL. La plupart des …
Afin de mieux comprendre la relation entre la structure et l'activité du peptide chimiotactique formyl-MET-LEU-PHE (f-MLF), l'analogue formyl-MET-PRO-PHE (f-MPF) a été préparé. Des études de RMN COSY et ROESY ainsi que de la modélisation moléculaire indiquent que cet analogue a une structure repliée. Cependant, les tests d'activités sur la production de superoxyde et sur la mobilité du calcium cellulaire concluent que cet analogue n'a pas d'activité chimiotactique. En comparant ces résultats avec ceux de la littérature sur d'autres analogues modifiés en position 2, on propose que la forme active du peptide chimiotactique sur le récepteur adopte une conformation allongée et …
RMN dynamique s'inscrit dans le cadre général d'un développement de la chimie assisté par ordinateur. Le projet consistait à réaliser un montage audiovisuel à caractère didactique sur la résonance magnétique nucléaire (RMN). Trois montages ont été réalisés: Principes et relaxation (58 min), Écho de gradient et RMN-2D (68 min). Le microordinateur Commodore AMIGA a été utilisé pour ce montage grâce à ses capacités graphiques, d'animation et de production vidéo il demeure le mieux adapté à la réalisation d'un programme. Le tout est tutorisé et l'étudiant en bandes vidéos mais aussi en diapositives couleurs avec textes d'accompagnement sur audio-cassettes. De plus, …
La contamination bactérienne de filets de morue est actuellement évaluée par ensemencement sur gélose. Les inconvénients de cette méthode sont le matériel à préparer, les manipulations répétitives ainsi que le temps requis pour l'incubation des géloses. Le dosage de l'enzyme catalase bactérienne et sa corrélation avec le nombre de bactéries présentes sur le filet permet de pallier ces inconvénients. On peut dorénavant évaluer la salubrité du filet de morue en 1h30 au lieu de trois jours. L'interférence de la catalase de morue est supprimée par inactivation thermique sélective.
L'activité de l'enzyme catalase est habituellement déterminée par spectrophotométrie à 240 nm. Une méthode différente utilisant un appareil appelé Catalasemètre, permet de déterminer l'activité par la mesure du temps de flottation d'un disque imbibé de catalase lorsque plongé dans une solution de H2O2. Pour la première fois, cette méthode est comparée à la méthode spectrophotométrique et un protocole d'étalonnage a été établi. Le coefficient de détermination (r2) de cette droite est 0,960 pour une plage de concentration de 9,3 à 144,5 unités internationales par mL. Cette méthode a par la suite été utilisée pour établir la température d'inactivation des catalases …
Durant le développement de nouvelles méthodes de synthèse des alcaloïdes du Lycopodium, nous avons étudié l'addition photochimique de l'allène sur une amido-cétone conjuguée. Ceci nous a permis de construire d'une façon très simple les cycles A, B, C et D de lycopodine. La stéréochimie des carbones quatre et douze a été démontrée par les bandes de Bohlmann. Finalement un transfert d'hydrure nous a permis de fonctionnaliser le carbone cinq. Cette dernière molécule peut être transformée en lycopodine et annofoline.
Durant le développement de nouvelles méthodes de synthèse des alcaloïdes du Lycopodium, nous avons étudié l'addition photochimique de l'allène sur une amido-cétone conjuguée. Ceci nous a permis de construire d'une façon très simple les cycles A, B, C et D de lycopodine. La stéréochimie des carbones quatre et douze a été démontrée par les bandes de Bohlmann. Finalement un transfert d'hydrure nous a permis de fonctionnaliser le carbone cinq. Cette dernière molécule peut être transformée en lycopodine et annofoline.