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Colloque
Plusieurs problèmes biologiques, chimiques et physiques peuvent être réduits à la diffusion aléatoire de particules dans un milieu ponctué d'obstacles fixes et impénétrables. L'étude de ces phénomènes est complexe et des simplifications sont en général nécessaires pour leur modélisation. Par exemple, l'étude de la migration de ces particules nécessite souvent la discrétisation de l'espace, c'est-à-dire que la particule et les obstacles ne peuvent occuper que certaines positions (comme sur un jeu d'échecs). La méthode courante consiste alors à laisser "marcher" la particule sur les cases de l'échiquier jusqu'à ce qu'elle atteigne l'état stationaire (simulation Monte Carlo). On peut alors évaluer …
Colloque
La vingtaine d'années qui suivit la découverte de la structure de l'ADN mena à une panoplie de découvertes théoriques et expérimentales dans le domaine de la biologie moléculaire. Un facteur qui limite grandement la révolution biotechnologique est la vitesse à laquelle on peut décoder l'information contenue dans l'ADN. Nombres d'efforts sont actuellement déployés pour augmenter le nombre de nucléotides qui peuvent être lues par expérience d'électrophorèse. Ici, nous examinons comment le fait d'ajouter une grosse protéine neutre (la streptavidine MW=52000) à un des bouts des molécules d'ADN va modifier leur dynamique sous électrophorèse. Nous avons étudié la dynamique de cette …
Colloque
Dans cet exposé, nous décrivons comment les simulations par dynamique moléculaire peuvent maintenant nous permettre d'étudier certains problèmes fort complexes comme la déformation hydrodynamique des polymères dans les courants intenses et/ou sous confinement, ou encore la relaxation de mélanges de polymères très fortement étirés. Des résultats de grande qualité peuvent même être obtenus en utilisant les dernières familles de processeurs Pentium! Les superordinateurs parallèles rendent possible l'étude de l'hydrodynamique au niveau moléculaire ce qui aurait été impensable il y a quelques années à peine. Ces nouveaux outils ouvrent un nouveau champ d'exploration scientifique qui est fort prometteur.
Colloque
Dans cet exposé, nous décrivons comment les simulations par dynamique moléculaire peuvent maintenant nous permettre d'étudier certains problèmes fort complexes comme la déformation hydrodynamique des polymères dans les courants intenses et/ou sous confinement, ou encore la relaxation de mélanges de polymères très fortement étirés. Des résultats de grande qualité peuvent même être obtenus en utilisant les dernières familles de processeurs Pentium! Les superordinateurs parallèles rendent possible l'étude de l'hydrodynamique au niveau moléculaire ce qui aurait été impensable il y a quelques années à peine. Ces nouveaux outils ouvrent un nouveau champ d'exploration scientifique qui est fort prometteur.
Colloque
Dans cet exposé, nous décrivons comment les simulations par dynamique moléculaire peuvent maintenant nous permettre d'étudier certains problèmes fort complexes comme la déformation hydrodynamique des polymères dans les courants intenses et/ou sous confinement, ou encore la relaxation de mélanges de polymères très fortement étirés. Des résultats de grande qualité peuvent même être obtenus en utilisant les dernières familles de processeurs Pentium! Les superordinateurs parallèles rendent possible l'étude de l'hydrodynamique au niveau moléculaire ce qui aurait été impensable il y a quelques années à peine. Ces nouveaux outils ouvrent un nouveau champ d'exploration scientifique qui est fort prometteur.
Colloque
L'électrophorèse d'ADN sur gel d'agarose est un outil largement utilisé en biologie moléculaire. Les méthodes conventionnelles d'électrophorèse en champ continu permettent une résolution maximale d'environ 50 Kilobases (Kb). En vue d'atteindre cette zone de résolution, nous avons développé un procédé d'électrophorèse en champ pulsé unidirectionnel. Cette nouvelle stratégie basée sur l'induction de différents paramètres intervenant dans la migration de l'ADN nous a permis d'étendre la taille de molécules jusqu'à environ 1000 Kb. Par cette stratégie, nous avons résolu les chromosomes intacts de plusieurs souches de levure et de micro-organismes de vértebré. De plus, cette méthode a été utilisée avec succès …
