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Il existe une grande variété de stratégies possibles pour réaliser des analyses protéomiques quantitatives. Ce sont à la fois la nature du matériel biologique et le type de question posée qui conduisent à utiliser une stratégie plutôt qu'une autre. On peut globalement distinguer deux types de stratégies parfaitement complémentaires : les études protéomiques à large échelle et/ou sans a priori, et les études quantitatives ciblées sur des protéines d'intérêt. Les études à large échelle sont par essence naïves ; elles peuvent par exemple être mises en œuvre pour analyser la dynamique d'un système biologique dans le cadre d'une étude cinétique …