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Le principal obstacle à l'analyse avec un microscope électronique d'échantillons non conducteurs (comme les minéraux, les céramiques et les polymères) est le phénomène d'accumulation de charge qui se produit lorsque ces matériaux sont soumis à une irradiation d'électron. Ce phénomène affecte la mesure des électrons secondaires et donc l'aspect visuel obtenu par imagerie de l'échantillon. D'autre mesure comme les rayons-X et le courant du faisceau sont aussi modifiés. Mais pour bien comprendre ce qui se passe dans le microscope, il faut utiliser des modèles théoriques incorporants les champs électromagnétiques dans la colonne et l'échantillon. Pour simuler ces modèles, l'utilisation de …