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Un critère d'homologie est développé en vue de traiter les séquences des t-RNA connues. Certains t-RNA sont trouvés homologues, donc, ayant un gène ancestral commun. A l'aide de méthodes de rassemblement (clustering), les premières étapes de retracement de l'arbre phylogénétique sont dessinées, pour les t-RNA qui étaient représentés en nombre suffisant.