Colloque

Le processus de remplacement des acides aminés est hétérogène au cours du temps : impact sur l’inférence phylogénétique

Béatrice Roure

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Béatrice Roure

Résumé du colloque

À l’ère de la phylogénomique, caractériser les propriétés évolutives des données, afin de diminuer les erreurs systématiques, est primordial pour obtenir une phylogénie correcte. La possibilité que les données soient soumises à l’hétérotachie fait aujourd’hui consensus, mais cette caractéristique se focalise sur l’aspect quantitatif du processus évolutif, ignorant le côté qualitatif. C’est pourquoi nous avons étudié la variation au cours du temps du processus substitutionnel en acides aminés, et regardé son impact sur l’inférence phylogénétique. Nous avons utilisé les profils substitutionnels définis par le modèle CAT comme approximation pour caractériser les variations de profils entre différents clades monophylétiques. À partir de deux larges jeux de données, nous montrons que le processus évolutif varie effectivement au cours du temps de façon qualitative. Cette hétérogénéité est significative et n’est pas corrélée à la présence d’hétérotachie en un site, suggérant que les changements observés ne sont pas la conséquence d’une variation de la vitesse d’évolution. Comme aucun modèle d’inférence ne prend en compte cette caractéristique des données, nous avons testé son impact éventuel sur la justesse de la phylogénie. La concaténation des protéines codées dans